В феврале 2009 данные компании заключили договор о проектно-изыскательных работах. В контракте было оговорено, что спорные вопросы будут решаться в третейском суде «Газпрома». Институт, по мнению «Ямалгазинвеста», допустил нарушение условий договора, после чего третейский суд постановил взыскать с «Нефтегазпроекта» неустойку в размере 1,6 млн рублей. Институт успешно опротестовал решение в Арбитражном суде Москвы, однако кассационный орган оставил постановление третейского суда в силе.

В итоге институт подал жалобу в коллегию ВАС, судьи которого приняли решение о том, что постановления третейского суда не могут быть беспристрастными и ущемляют вторую сторону. ВАС согласился с выводами коллегии и утвердил ее решение. Третейский суд «Газпрома», который первоначально создавался для конфиденциальных разбирательств между структурами монополиста, финансируется за счет газовой компании.